友の会では様々なサークルが活動しています。

ジュニア自然史クラブ	鳥・昆虫・植物・きのこといった生物や、化石・岩石・地層など地学関係が好きな中高生が集まって、博物館の学芸員と一緒に野外に出かけたり、室内で観察したり、ホームページを作ったりしています。 　学校のわくをこえて、同じような興味を持っている友達ができます。また、学芸員に気軽に質問したり、博物館の裏側を探検したりもできます。博物館の器具や資料を使って、学芸員と相談しながら、自分で好きな研究をすることもできます。
読書サークルBooks	図鑑や読み物、絵本など、多くの自然史関係の本が出版されています。しかし、本屋や図書館に、ただ並んでいるだけでは、どんな本なのか中身がよくわかりません。そんな時、本の中身が紹介がされていたら便利だとは思いませんか？ 　そこで、みんなで本を読んできて、集まって意見を交換して、それを紹介文にまとめてみようと思いつきました。一人や二人でやるのは大変ですが、みんなで一緒になら楽しくやっていけるのではないでしょうか。
メーリングリストomnh	博物館や友の会に関係した様々なことについて情報を交換や話し合いするメーリングリストです。自然史（生物や地学関係）に関すること、生き物の分布に関する情報募集やそれに対する返答、観察・採集記録、観察・採集場所の紹介、博物館や友の会の活動、行事の案内や行事の感想、他の自然史系博物館や博物館施設一般に関すること、学芸員に関することなどについて、メールがやりとりされています．